Il PRORIS è coordinato da un referente INAF e da un referente CNR, che sono stati nominati dai propri Enti di appartenenza e sono incaricati della gestione operativa del programma, assicurando la continuità e la proficuità della collaborazione, nonché il coordinamento degli apporti resi da ciascuna delle Parti nella realizzazione delle attività.
I referenti saranno supportati, nello svolgimento delle proprie mansioni, da personale staff CNR ed INAF e, laddove necessario, da personale a contratto appositamente reclutato.
La Struttura di Management si avvale del supporto di un Comitato Tecnico Scientifico (CTS).